Si ritiene che il comune sia stato fondato in età normanna, nell’XI secolo. Non vi sono dubbi che il nome del paese derivi dalla duplice circostanza di essere posizionato su una grande roccia (pesclum o peschio) e che tale roccia abbia la forma appuntita (pinnata). Eventi disastrosi dovuti alla follia dell’uomo ma anche alle forze della natura hanno di fatto cancellato il disegno dell’impianto del nucleo antico di Pescopennataro, sicché, nella parte più alta della roccia che si affaccia sulla valle del Sangro, rimangono deboli segni delle fondazioni di un antico castello, sicuramente esistente in epoca normanna, ma probabilmente di origine longobarda come altre fortificazioni di questa parte ancora sconosciuta del meridione italiano. Sappiamo che Raynaldus filius Anibalis intorno alla metà del XII secolo teneva in feudo, nella Terra Burrellense, Pesclum Pignaturum quod est pheudum III militum. E se Pescopennataro era un feudo di tre militi, la rendita era pari a 60 once d’oro, ovvero tre volte maggiore di quelle dei paesi circostanti. Di questo Rainaldo abbiamo qualche notizia perché nel 1154 era presente a Termoli per sottoscrivere una donazione del conte Roberto III di Loritello e nel 1166 era a Belmonte del Sannio a sottoscrivere un’altra donazione fatta con il consenso di Oderisio dei conti Borrello alla chiesa del beato Lorenzo de Carcamo. Ugualmente del sistema di difesa angioino non vi è più alcuna traccia consistente anche se sappiamo che subito dopo l’ascesa di Carlo d’Angiò, Pescopennataro fu assegnato al potente Rodolfo de Courtanay, morto nel 1271 senza eredi maschi. Sua figlia Matilde andò sposa a Filippo di Fiandra ed il feudo dopo qualche tempo finì alla famiglia Sabràn. Poi passò ai Cantelmo che vediamo signori di Pescopennataro almeno dal 1422. Passato ai Caldora, il feudo fu confiscato ad Antonio dopo gli avvenimenti del 1465. Fu feudo dei d’Afflitto e poi dei Caracciolo-Pignatelli ed infine della famiglia del Monaco.
Il paese ha subito profonde trasformazioni per la distruzione di un gran numero di case che una volta erano tutte fatte con la pietra che abili scalpellini locali estraevano dalla roccia su cui il paese si era sviluppato. Un’attività che li rese celebri in tutto il territorio circostante. Se oggi qui sono poche le pietre lavorate, in altri paesi (e Agnone ne è un esempio significativo) si trovano esempi notevolissima di quest’arte che fiorì soprattutto dal XVIII secolo in poi. Anzi, un certo Nicola De Lallo, in una pubblica epigrafe, si definì architetto (ed i paesani ne vanno orgogliosi) quando realizzò la fontana che dal 1762 consente agli abitanti di Pescopennataro di avere l’acqua in piazza.Nel 1807 la comunità fu inserita nel dipartimento del Sangro, cantone di Agnone, poi passò nel distretto di Isernia, governo di Vastogirardi. Nel 1811 risulta aggregata al circondario di Capracotta insieme a Sant’Angelo del Pesco, con cui forma un comune unico; se ne distaccherà per diventare comune autonomo il primo maggio 1816.
Il primo gennaio 1883 viene progettata la strada Agnone-Castel di Sangro, passante per Pescopennataro, mentre nel primo gennaio 1886 si apre la scuola elementare.Il maggior numero di abitanti viene raggiunto nel 1911 con 1.571 presenze. Successivamente, per via della crescente emigrazione prima verso le Americhe, poi verso Paesi Europei e successivamente nelle zone industrializzate dell’Italia, la popolazione subisce una costante diminuzione, fino a raggiungere gli attuali 350 abitanti circa. L’abitato fu quasi interamente distrutto durante la Seconda Guerra Mondiale ed in seguito ricostruito alle falde del Monte S. Lorenzo e del Monte Torrione.